显示屏“摆乌龙”
事件： 6月1日上午，记者看到，二号线到达油坊桥站后掉头往经天路方向，列车停靠其间，站台上的电子显示屏真把人“雷”得不轻：时间显示11：38：03，本次列车0分钟到达，开往经天路站；下一行居然是“下次列车10分钟到达，开往油坊桥方向。”一个方向，一个牌子，指出两个方向来。
地铁：这主要是“西门子”信息传递给PS系统，有些数据丢失导致，我们正在查找原因，保证数据采集“不丢包”。
列车“跑偏”乘客下不了车
事件：7月19日早上8点45分左右，一列地铁一号线南延线列车行驶到百家湖站时，由于没有停准，列车门和安全门没有对上，导致安全门没有打开。乘客无法下车，只好跟着列车开到下一站后再返回。
地铁：“联动未成功”，导致安全门没有开启，毕竟南延线运营时间不长，还处于磨合期，出现一些差错也难免，希望市民们能理解。
地铁“开过头”倒回
事件：7月12日上午8点多，地铁一号线出现滑稽的一幕——列车到达中华门站后没停，车头和两节车厢都滑过了站台，然后，地铁又倒着开回了站台，前后大约折腾了10分钟。由于连锁反应，造成大量后续列车跟着晚点。
地铁：主要是雨天轨道湿滑，列车自动驾驶所致，也就是“雨天冲标”。南京地铁列车一般都实行“ATO驾驶”（即无人驾驶模式），“但逢雨天到高架站，还是要手动驾驶。没想到这列列车冲出去了，滑了这么远。”地铁运营公司相关负责人表示，主要是轨道太滑所致。