2010年清明节小长假（4月3日至5日）即将到来，为使清明节期间乘客出行安全、舒适、快捷，南京地铁运营分公司特制定清明运输组织方案，预计清明期间日客流将超过50万人次。
据悉，2009年清明节客流最高为39.8万人次，根据今年客流增涨趋势，加之4月4日江苏舜天足球将在奥体中心迎来本赛季中超首场主场比赛，预计单日客流超过50万人次，如天气晴好，客流还有望继续攀高。对此，南京地铁运营部门对4月3日至5日的行车安排如下：4月3日、4日高峰时段（7：50～18：40）16列车上线，开15备1，行车间隔为5分15秒。备用车在迈皋桥站。该方案全天开行376列次，较周末增加了37列次。4月5 日与周末运力相当，全天开行339列次。另外，4月4日15：30因中超联赛首轮比赛，地铁运营控制中心提前关注客流情况，可适时加开迈皋桥备用车至奥体。节日期间，控制中心要依据客流数据，灵活组织备用车上线服务，增加旅客运输能力，缓解客流压力；运能过剩时，适时减少上线列车数量，避免运能浪费。
为降低节日期间突发事件对乘客的影响，特成立机动应急队伍，以便在发生突发事件时尽快赶到事故现场进行救援。节假日期间，要与地铁公安加强安全检查, 防止乘客携带易燃、易爆、有毒等危险物品及气球进站乘车。清明节期间，灵活掌握售票机制。南京站、中华门、安德门等客流大站安排人工票售，如仍不能满足现场需求时，及时出售应急纸票。