环境保护部（下称环保部）认定，广梅汕铁路有限责任公司的一项铁路建设工程在未通过环保验收即投入运营，属于违法违规行为，要求该项目在2011年3月前通过环保验收，否则将被责令停止使用。
4月9日，环保部在官方网站公布了三天前下达的环境违法行为改正通知书。
被判定违法违规的工程项目，是“京九线龙川北至东莞东段增建第二线工程”。该项目2003年即投入试运行，但2008年5月，环保部华南环境保护督察中心现场调查发现，工程配套的环保设施未经环保部门验收合格，在2009年12月的又一次督查中发现，工程尽管在2009年7月7日建成隔音屏以解决噪声问题，但环保配套设施依然未办理环保验收手续。
龙川北至东莞东段铁路是京九铁路位于广东境内的一段线路。该段铁路复线也是京九铁路复线建设中最后竣工的工程。
根据新华社的报道，铁道部当时在论证和调研之后，决定比原计划提前9个月完成复线工程，在2003年春运前投入使用。该段铁路复线于2003年1月10日全线贯通，京九铁路的列车通过能力即从78趟提高到120趟。
广梅汕铁路有限责任公司是铁道部和广东省共同组建的合资铁路企业，现由广州铁路（集团）公司控股。
广梅汕公司方面曾于2008年底的听证会上辩称，该公司已经多次申请环保验收，但未及时得到批复。环保部的文件中对此回应称，环保验收申请均不符合规定要求，多次责令限期整改均未到位，因而不符合通过验收的条件。
广梅汕公司还辩称，项目属于试运行，不应适用相关法规中关于正式投入使用的项目的条文。环保部的文件中对此回应认为，试生产期限最长不超过一年，此工程2003年运行至今，应被认定为正式运营。
该公司同时认为，该项目是国家交通命脉，责令停止需报国务院批准，不应由环保部决定。环保部文件则表示并未超出职权，但鉴于该工程涉及公共利益，将把“责令停止”缓期至2011年3月，逾期仍未履行则将申请法院强制执行。