2011年元旦小长假（1月1-3日）是南京地铁网络化运营以来，迎来的首个元旦假期。据分析，地铁线路客流将一路攀升，预计元旦期间最高日客流将突破110万人次，可能比2010年国庆出行客流还要高。
按照以往的经验，小长假前一天往往客流就提前爆发。因此地铁运营部门重点加强了12月31日运力和人力的投入。其中，一号线早高峰上线30列车，共线区段行车间隔3分35秒，支线行车间隔7分10秒；晚高峰时间从13:30到19:00，上线28列车，共线行车间隔3分53秒，支线行车间隔7分45秒。二号线早高峰上线22列车，间隔5分40秒；晚高峰也提前至13:30，直至19:00，上线21列车，间隔6分10秒。19:00后，根据客流趋势适当减少运力，最大间隔不超过10分钟。
2011年1月1日，一号线在8:00-13:30开行27列车, 共线间隔4分，支线间隔8分。13:30-18:30上线28列车，共线间隔3分53秒，支线间隔7分45秒。二号线在8:00-13:30上线20列车,间隔6分30秒，13:30-18:30开行21列车，间隔6分10秒。