三期工程包括11号、9号、7号、6号和8号五条线路，线路总长度近170公里，车站95座，总投资约807亿元。
其中：11号线自福田中心区至松岗，全长约51.2公里，规划建设期为2011-2015年;
9号线自向西村至深圳湾，全长约25.0公里，规划建设期为2011-2016年;
7号线自太安至动物园，全长约29.8公里，规划建设期为2011-2016年;
6号线自深圳北站至松岗，全长约37.2公里，规划建设期为2011-2016年;
8号线自国贸至小梅沙，全长约26.4公里，具体建设时间根据前期工作进展情况确定。
其中7号线，9号线和11号线将在9月开工。据预测，到2016年，深圳轨道交通承担客运量将占公共交通的比重将达到38%。同时，深圳还将加快城市轨道交通远景网的修编工作，及早开展城市轨道交通四期建设规划编制工作。