三期设3座地下车站
13号线三期串联了张江高科园区、张江大型居住区等客流集散点，其起点位于二期工程终点站华夏中路站，沿中科路向东，共设中科路、学林路、张江路三站，线路全长5.254公里，设三座地下车站。列车编组的初、近、远期都采用A型车6节编组，运营时间从5:00至23:00，共18小时。初期全日开行列车218对，近期全日开行252对，远期全日开行280对。计划2014年开工，2017年建成试通车，工程建设总工期约3.5年。
一二三期共设31个车站站点
13号线一、二、三期工程的全部车站是金运路站、金沙江西路站、丰庄站、祁连山南路站、真北路站、大渡河路站、金沙江路站、隆德路站、武宁路站、长寿路站、江宁路站、汉中路站、自然博物馆站、南京西路站、淮海中路站、新天地站、马当路站、卢浦大桥站、世博大道站、长清路站、成山路站、东明路站、六里站、下南路站、北蔡站、绿川新村站、莲溪路站、华夏中路站、中科路站、学林路站、张江路站。
目前一期西段6座车站已开通
目前，轨交13号线一期西段一共6座车站已经开通。一期全线通车后，乘客可在长寿路站和隆德路站与7号线及11号线实现零换乘。位于沪南路陈春路口的13号线工地目前正进行前期准备工作，包括建筑围栏和工棚，挖掘机等机械也陆续进场。据了解，此处正是二期工地之一，据地铁方面介绍，13号线二期已在加紧建设中。计划明年开建的13号线三期建成后将与13号线一、二期工程实现贯通运营，成为上海轨道交通路网中横贯东西的重要骨干线路。