7月底,南京市交通局发布了地铁3号线开通后对大桥、二桥公交客流变化情况的研究报告。记者从南京地铁运营公司了解到，南京地铁已对3号线运行图进行了优化，从8月7日起，3号线将执行新的运行图，早高峰行车间隔缩至3分55秒。
南京市交通局7月30日发布的研究报告中指出，每天乘坐3号线过江的客流达到12万人。前期，针对早高峰过江段客流强度较高的情况，南京地铁从7月27日起，在过江客流集中的7:20-8:10时段内，已通过人工调整运力的方式在上述时段加开列车，加大江北往市区方向的行车密度，缓解了3号线部分区段早高峰的运输压力；同时，地铁公司对柳洲东路站至南京站区段提升了客流疏导力度。此次调整运行图，是根据目前3号线早高峰的实际客流分析，针对性地在新运行图中采用了不对称发车的行车组织方式。
地铁3号线此次调整运行图后，在工作日早高峰时段增加3列车、平峰时段增加2列车上线运行。工作日早高峰7:20-8:10，江北往市区方向行车间隔由原先的5分20秒压缩至3分55秒；工作日平峰期间的行车间隔由原有的7分55秒压缩至7分钟。