地铁9号线军事博物馆站将于2013年底开通，届时可实现与1号线换乘，方便乘客前往北京西站。11月28日记者从建设公司获悉，目前9号线军事博物馆站已经由建设部门正式移交运营部门，为年底开通做准备。据测算，两线的换乘时间将不超过5分钟。地铁9号线北段2012年年底开通时，军事博物馆站成为“甩站”，列车经过不停车。导致1号线的乘客无法直接换乘9号线而抵达北京西站。28日记者在现场看到，车站换乘通道与1号线连接通道的“隔板”还未拆除，但装修已全部完成，售检机也安装完毕，站内整洁宽敞。
据北京市轨道交通建设管理公司介绍，换乘时，9号线乘客需要从地下三层上至地下一层的换乘厅，并通过换乘通道进入1号线；而1号线乘客从西端站厅直接可进入9号线换乘厅，再下楼至9号线站台。设计方考虑到1号线客流较大，因此在换乘长度上，9号线换乘1号线距离较长，从而起到缓解客流的效果，但设计换乘时间也不超5分钟；1号线换乘9号线距离较短，换乘时间在3分钟左右。
9号线与1号线的军事博物馆站“合并”后，共设置七个出入口。其中，位于羊坊店路与复兴路交叉口东北、东南两个角的1号线原有的出入口，在施工中曾拆除重建，年底恢复使用。此外，9号线新增3个出入口 ，西北出入口位于复兴路北侧，西南出入口位于复兴路南侧，东南出入口位于羊坊店路东侧。