9月29日，铁三院发布了昌平线南延二次环评，首次公布了昌平线南延线路具体走向及设站。和此前所传一样，该线确定将从既有西二旗站南延至蓟门桥站，新建7座地下站，其中5座为换乘站。按照计划，该线将于2016年内开建，2020年建成。
环评公告显示，昌平线南延起自既有昌平线西二旗站，终至蓟门桥站，线路长约12.6公里，新建车站7座，其中换乘站5座，全部位于海淀区。
值得一提的是，环评公告首次公布了线路具体走向及设站。其显示，昌平线南延线路起自 13 号线西二旗站，向南上跨西二旗大街后逐渐转为地下至清河火车站，出站后东拐至小营西路，至清河农副产品批发市场后拐向南至学清路，最终沿学院路、西土城路至线路终点。
具体设站上，昌平线南延设清河站、上清桥站、学清路站、六道口站、学院桥站、西土城站、蓟门桥站。此次公告虽然并未以文字形式公布具体换乘站情况，但据北京晨报记者了解，按照此前规划，预计将在清河站换乘地铁13号线，将在六道口站换乘地铁15号线，将在西土城站换乘地铁10号线，将在蓟门桥站换乘正在建设的地铁12号线；而按照此前规划，上清桥站或还会与一条规划线路实现换乘，但此换乘站在环评公告的线路示意图中并未标注。
按照计划，昌平线南延将于2016年开建，建设工期4年，预计2020年建成后，将从每日5时运营至23时，设计时速100公里。