在建设运营管理体制方面，国家发改委在批复中也提出，希望深圳创新建设运营管理体制，总结投融资改革方面的经验，进一步研究完善建设运营管理体制;控制工程造价，重视建设资金筹集、落实资金来源，研究制定运营资金平衡和补贴方案，强化建设和运营期间的安全管理措施，提高运营服务水平。
据介绍，在三期工程各线路建设完成后，深圳的城市轨道交通线路将达到10条，通车里程约348公里，将形成比较完善的城市轨道交通网络。预测到2016年，全市轨道交通承担客运量占公共交通客运量的比例将达到38%。
市发改委表示，下一步，深圳将全力做好三期工程各线路可行性研究报告等前期工作，尽快上报国家发展改革委员会审批，为大运会后正式启动三期工程建设工作创造条件。同时，深圳还将加快城市轨道交通远景网的修编工作，及早开展城市轨道交通四期建设规划编制工作。
五条线路总投资807亿
根据国家发改委的批复，深圳城市轨道交通三期工程包括11、9、7、6、8号线(按建设时序排列)共五条线路，合计线路总长度约169.6公里，新增车站95座，总投资约807亿元(规划预估算数)。
其中：11号线自福田中心区至松岗，全长约51.2公里，规划建设期为2011-2015年;9号线自向西村至深圳湾，全长约25.0公里，规划建设期为2011-2016年;7号线自太安至动物园，全长约29.8公里，规划建设期为2011-2016年;6号线自深圳北站至松岗，全长约37.2公里，规划建设期为2011-2016年;8号线自国贸至小梅沙，全长约26.4公里，具体建设时间根据前期工作进展情况确定。