南京地铁部门预测，如天气晴好，国庆当日出行客流有望突破百万人次，达到103万人次，而客流高峰则会出现在9月30日至10月2日。
南京地铁将从9月30日起就启动大客流预案，依据当日客流形势，将晚高峰上线时间提前结束时间推迟，并加开预先存在鼓楼、迈皋桥、钟灵街、油坊桥的备用车，确保大客流及时疏散。
10月1日至2日，一号线在8:30-11:30期间上线列车数为29，支线行车间隔8分钟，共线行车间隔仅4分钟；11:30-19:00开行列车数为27，支线行车间隔8分30秒，共线行车间隔4分15秒。二号线方面，在7:00-20:00期间上线列车数19，行车间隔7分30秒。10月3日，一号线7:00-19:00开行车数为27，支线行车间隔8分30秒，共线行车间隔4分15秒。