2月1日，香港铁路有限公司以99.8%的得票率通过与香港特区政府签订的高铁协议。协议规定，由特区政府支付844.2亿元的广深港高铁香港段造价，如果有超出的部分，由港铁公司承担，并将分两期支付每股共4.4元的特别股息。特别股息总额合共大约257.6亿元，其中约195.1亿元支付予特区政府的财政司司长法团，另外约62.5亿元支付予其他股东。特区政府因持有港铁约75.7%股权，在股东会上放弃投票。

港铁主席马时亨表示，高铁可提升香港与外界的联系，长远来看，还可以通过高铁网络连接内地城市和欧亚大陆，维持城市的竞争力。此次协议表决通过，显示出股民对公司的信心。之后特区政府会向立法会申请追加拨款，马时亨表示，希望议员们“高抬贵手”，让预算“速战速决”，在本月之内通过。

马时亨表示，高铁建设中最复杂的工程已经完成，隧道挖掘工程已完成99.9%，西九龙总站也已完成63.9%，而整体工程已完成75.4%，相信有较大可能以现在的造价目标完成整个工程，令高铁在2018年第三季通车。

关于此次高铁项目追加拨款，有小股东质疑“借钱派息”将会令港铁的负债率达到29%，而美国加息会令借贷成本继续增加，港铁行政总裁梁国权表示，此次派息后负债比率即使上升，较亚洲其他上市铁路公司仍低，公司财政稳健。高铁协议可以令公司资本效益提升，同时也会提升股东回报率。

现场也有小股东发言表示赞成协议，因为过去也有铁路工程开始前有不少反对声音，而落成之后确实方便居民出行交通的例子。

马时亨表示，如果追加款项被否决，那么此前650亿元的拨款于年中就会用完，3月便需要通知承建商作出准备。港铁工程总监黄唯铭指出，如果工程停工，工人也会解散，后期需要增加临时保护措施防止水浸，以及交通临时改道，会影响市民出行，也会产生额外维护开支。根据香港特区政府运输与房屋局的文件，如果高铁工程“烂尾”，仍需要106亿元额外拨款做善后工程。