9月24日，在江苏省发改委提交省十二届人大常委会第五次会议审议的《江苏轨道交通“十二五”及中长期发展规划中期评估报告》中，建议将宁芜铁路扩能改造的建设时序，从2013年—2015年调整至2016年—2018年。这也就意味着，宁芜铁路搬迁可能推迟。

根据江苏轨道交通“十二五”及中长期发展规划，原定到“十二五”末，江苏铁路干线新增运营里程将达100公里，而省发改委在本次的中期评估报告中则建议调整为到“十二五”末新增运营里程800公里。

受此影响，部分铁路建设的原定时序也将延迟，这其中就包括宁芜铁路扩能改造。

按照目前江苏省、南京市和铁道部门达成的共识，宁芜铁路将从沧波门向南改道，沿绕城公路绕行，上跨运粮河、秦淮河、双龙街，与其他线路并列进入南京南站，避开主城区。由于宁芜铁路今后是货运专线，它通过“高铁共用走廊”进入南京南站，但并不停靠，而是下穿南京南站。

宁芜铁路改线后，城中停用铁路将改造为轻轨（地铁8号线），轻轨并非直接在原有线路基础上改造，而是在与重点道口交叉时采用高架或隧道形式。

“根据目前有关研究得出的结论，宁芜铁路将外迁到南京南站往北，绕城沿线这个位置上。外绕过程中，有些先行工作已经施行了，目前在南京南站的北广场，离主站房100米处，已建成了宁芜铁路下穿通道。”

据南京铁路建设部门介绍，目前外绕的预留城市轨道交通线，空地规划已有准备。

此外，省发改委在中期评估报告中建议将改造时间推迟到2016年至2018年的还有宁启铁路南通至启东段；沿江城际铁路建设时间则被建议调整至2017年—2021年。