列车选用方面，21号线将采用6辆编组B型车，最高运行速度120km/h。计划每列车乘客定员1258人，初期高峰小时开行12对，近期高峰小时开行20对，远期高峰小时开行24对。列车运营时间为早6点至晚12点，全天运营18小时。
21号线在线网规划中的功能定位为加强科学城及萝岗中心区、东部新城以及增城市与广州市中心区的快速交通联系，带动高新技术业、先进制造业等功能带的发展，支持中新知识城起步区的建设和城市“东进”战略具有重要意义，对促进广州市大都市化进程具有重要作用，迫切需要加强21号线工程的建设力度，以实现公共交通发展战略目标。
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