目前，从厦门到南京如果乘坐动车，所需时间大概为11小时47分。宁杭甬高铁通车后，在厦门站和厦门北站都能乘坐动车直达南京 ，运行时间将缩短到9小时左右，节约了2个多小时。
2013年7月，宁杭甬高铁预计将全线通车，届时列车的运行图也将有所调整。记者从铁路部门了解到，杭州—厦门的D3213/3214将北延至南京南始发，另外杭州—厦门北的D3117/D3118也将延至南京南始发。届时，厦门岛内到南京之间将有直达动车，运行时间将从目前的11个多小时内提速至9小时左右。
目前，从厦门到南京如果乘坐动车，只能到厦门北站乘坐D3136次，用时为11小时26分，从厦门到厦门北还需21分钟左右，因此厦门到南京目前所需运行时间大概为11小时47分。
宁杭甬高铁通车后，线路将沿杭深铁路、宁杭甬客运专线营运，在厦门站和厦门北站都能乘坐动车直达南京 ，届时将不再停靠上海虹桥站。根据列车所行路线和已知同路段所需列车运行时间，可以大致分为以下两段进行估算：从厦门出发的动车到了宁波东之后，直接可以从宁波东再开往南京。厦门至宁波东动车运行时间为5小时7分；另外，根据媒体报道，宁杭甬高铁测试期间，以200公里/时的速度行驶，一站不停，141分钟 可从宁波到南京，加上停靠站点的时间，预估宁波至南京大概需要3个多小时。届时，厦门到南京的列车的运行时间也将缩短到9小时左右，节约了2个多小时。