质疑三：玉溪至通海35公里票价22元，太贵！
昆明至玉溪票价公布后，有人通过网络发帖称，同样是空调快速列车，昆明-曲靖157公里票价仅为23.5元，昆明-玉溪108公里票价却是29元，票价差异太明显。除此之外，还有网友通过微博吐槽：玉溪至通海区间的票价为“天价”，35公里票价高达22元，票价甚至比高铁0.5元/公里的票价标准还要高。然而，通海至建水区间63公里，票价反而仅为12.5元。
针对以上票价方面的质疑，昆明铁路局回应称，国有铁路的票价和地方铁路的票价制定基础是不同的，国有铁路低、地方铁路高。玉溪至通海这一区间段，由26公里国家铁路和9公里地方铁路组成，因包含地方铁路，所以票价也就高了许多。另外，由于铁路硬座票价按20公里算起步价，即该区间段不足20公里的地方铁路也按20公里计算起步价，综合上述原因导致该路段的票价相对较高。
质疑四：蒙自北站至城区18公里交通如何解决？
有媒体报道称，虽然昆明至蒙自北铁路客运已经开通，但蒙自北离主城10多公里的路程还未开通客运班车，给旅客出行带来了很大的不便。
昆明铁路局回应，这段交通应由当地政府负责解决。目前，蒙自当地公交公司都安排了公交车把乘坐火车的旅客运送至城区。下一步，随着列车频次的增加，相信当地政府会开通固定班车，以方便旅客出行。
28日，记者乘坐首趟火车来到蒙自北站后，火车站广播正在广播提醒旅客，告知旅客可到车站的指定地点乘坐公交车抵达城区，票价为2元/人。