3日，南京地铁运营公司出台了清明节运输组织方案，预计假期加开列车300余趟。
预计4月4日及6日地铁最大客运量将会达到150万人次以上，新街口、南京站、南京南站、安德门站将会是主要客流集散地。4月3日下午，南京站、南京南站以及仙林、江宁大学城可能会出现客流激增的情况。
对此，一号线4月3日晚高峰提前至12:00，上线列车31列、备用列车6列，共线间隔3分29秒，支线间隔6分58秒。4月4日全天上线列车34列、备用车5列，共线间隔3分10秒，支线间隔6分20秒。
4月5日全天开行列车34列、备用列车2列，共线间隔3分10秒，支线间隔6分20秒。4月6日全天上线列车34列、备用车3列，共线间隔3分10秒，支线间隔6分20秒。
二号线4月3日晚高峰提前至13:00，上线列车28列、备用车2列，间隔4分30秒。17:00—18:00上线列车30列，间隔为4分5秒。4月4日全天上线列车28列、备用车2列，间隔为4分30秒。9:00—11:00上线列车30列，间隔为4分5秒。4月5日、4月6日两日全天上线列车26列，备用车2列，间隔为4分50秒。