为确保清明期间乘客出行快捷有序，南京地铁运营公司出台了清明节运输组织方案，预计节日期间加开列车300余趟。根据乘客出行规律，4月3日下午地铁就启动大客流运输方案，预计清明期间单日最高客流将超过150万人次。
根据客流分析和预测，南京地铁运营公司对4月3日-6日的行车组织安排如下：一号线4月3日晚高峰提前至12:00，上线列车31列、备用列车6列，共线间隔3分29秒，支线间隔6分58秒。4月4日全天上线列车34列、备用车5列，共线间隔3分10秒，支线间隔6分20秒。4月5日全天开行列车34列、备用列车2列，共线间隔3分10秒，支线间隔6分20秒。4月6日全天上线列车34列、备用车3列，共线间隔3分10秒，支线间隔6分20秒。二号线4月3日晚高峰提前至13:00，上线列车28列、备用车2列，间隔4分30秒。17:00-18:00上线列车30列，间隔为4分5秒。4月4日全天上线列车28列、备用车2列，间隔为4分30秒。9:00-11:00上线列车30列，间隔为4分5秒。4月5日、4月6日两日全天上线列车26列，备用车2列，间隔为4分50秒。