针对市民反馈的轨道交通纸质车票使用次数过多，存在不少细菌的担忧，据重庆轨道公司发布消息称，轨道公司票务中心购买的轨道交通车票清洗消毒机安装及调试工作已接近尾声，计划在10月内投入使用。届时，7台车票清洗消毒机一天清洗量最多可达到6万张，将定期对循环使用的单程票进行清洗、消毒及烘干处理。
据重庆市轨道公司表示，目前轨道交通车站所用的X光行李安检机均有环保部门颁发的《辐射安全许可证》。 经市辐射环境监督管理站对车站安检机现场辐射监测，车站安检机周围空气比释动能率大大低于国家《电离辐射防护与辐射源安全基本标准》及《X射线行李包检查系统卫生防护标准》要求，不会对乘客 造成辐射污染,X光室专用防护门。 同时，车站安检工作人员在保证安检工作正常开展的同时，对安检机进行“随脏随做清洁”，力求安检机卫生整，让乘客放心地过安检。