按照《通知》要求，建设规划及相关规划应“由国家发改委会同建设部组织审核后报国务院审批”。一般城市多由市发改委向国家发改委提出上报申请，国家发改委委托有资质的审查机构（目前只有中国国际工程咨询公司有资格承担）进行轨道交通建设规划的评审；由城市规划系统向国家建设部提出申请，建设部责成该城市所在省建设厅组织评审。

国家发改委和建设部两大系统通过评审并汇总后，建设规划及相关规划由国家发改委上报国务院，经国务院批准后方可开展轨道交通项目的建设。中国城市轨道交通项目申报流程见图。