地铁二号线的建设难度已是“之最”，可是谈及即将全面开建的地铁三号线，佘才高却用“与二号线相比有过之而无不及”来形容。据介绍，三号线建设过程中将遭遇三只拦路虎，其中最难缠的一只将是“老建筑”。

佘才高表示，难度主要体现在三个方面：一是地质情况，地铁三号线和西延过江线都是过江线路，几乎穿越南京所有的江河湖泊，尤其是三号线还要下穿玄武湖和内外秦淮河；在城中将遇到古河道、淤泥质黏土；在河西会遭遇河漫滩；在城北穿越岗谷地和岩溶区；长江底卧有卵砾石层；线路上存有多处断裂带和断层等，复杂的水文地质情况将成为南京地铁建设的一大拦路虎。二是与国铁相交，这两条线将有四处与国铁线路相交，包括南京站繁忙的京沪线大动脉，四处与已运营地铁线路相交，两次穿越明城墙，与玄武湖隧道、新庄立交、宁溧路高架等大量市政设施交汇；另外穿越老城区，线路经过的太平北路、太平南路、夫子庙、浦口老城区等都是老旧建筑物和杆管线的密集地区，“地铁建设用地非常紧张和对施工的要求也更为苛刻，这些建筑都比较老，地铁开挖会否开裂出现险情等都必须考虑到……建筑老了，承受力就不一样，不及新建筑。”

另外，隧道过江没有任何经验可循，“纬七路隧道虽然是个成功的先例，但是地铁与它还是有很多不同之处。”佘才高认为，三号线的建设难度是前所未有的。